故事始于2046年，为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人，宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员，初中生美加子（武藤寿美配）也成为一名宇宙员开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。美加子离开地球后，她的同班同学小昇（铃木千寻配）仍然能收到来自宇宙的问候——美加子时常发来短信告知近况，只是随着距离的扩大，短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧！”对方都这么想着。...

2013年，因为修学旅行而来到台湾的女高中生小椋汐，遭到了突然出现的怪兽“进化侵略体”的袭击在军队完全没用的时候，谜之男子们出现在面前，他们是超国家机关“DOGOO”的代理人，继承了“伟人之魂”，并将这股力量用之战斗的“E遗传子持有者”。终于，在友人面临危机之际，小椋汐身上的“伟人之魂”也觉醒了......